Адам Стефан Сапега был отпрыском дворянской польско-литовской династии. Свою церковную деятельность он начинал в Риме, где служил секретарем Папы Пия X, который 17 декабря 1911 г. лично посвятил его в епископы в Сикстинской капелле, подарив ему при этом небольшой золотой нательный крест. Сапега "принадлежал к людям железной воли", был лидером, личные качества которого - такие как чувство достоинства и сила характера - вызывали уважение и создавали ему авторитет. Прибыв в 1912 г. на место, где он должен был вступить в должность, Сапега прямо с железнодорожной станции направился в приют для бедных, предпочтя осмотр приюта торжественной встрече, которую хотела устроить ему знать. Местное дворянство было весьма недовольно подобным поступком. Принадлежащий к династии потомственных священников, предком которых был злодейски умерщвленный святой Станислав, Сапега наполнил новым смыслом традиционное представление, что епископ Краковский - это "defensor civitatis", высший "защитник народа".
Князь-архиепископ, как его называли, не был в особой чести у церковных властей в правление Пия XI. Когда будущий Папа после Первой мировой войны был папским нунцием в Польше, они с Сапегой не раз вступали в словесные баталии, не желая уступать друг другу. Во время понтификата Пия XI Сапега отказался от красной кардинальской шапки, которую до него носили Албин Дунаевский и Ян Пузына. За неделю до смерти в феврале 1939 г. Пия XI Сапега, ссылаясь на свой преклонный возраст (ему было семьдесят два) и плохое здоровье, обратился к Папе с письменной просьбой об отставке. В те времена просьбы подобного рода были крайней редкостью. Но на это письмо ответа не последовало - Папа скончался. Тогда Сапега, посетив Рим в апреле того же года, обратился с той же просьбой к только что избранному Пию XII. Но Пий XII ответил отказом, поскольку считал политическую ситуацию чересчур неопределенной, а положение вещей - нестабильным, чтобы можно было позволить предпринимать столь серьезные шаги. Сапега вынужден был остаться на своем посту.
Скоро он стал "некоронованным королем Польши". Иоанн Павел II называл его "непокоренный князь", "настоящий pater patriae" нации, которую пытались уничтожить .
Официальный глава Церкви, кардинал Глонд, бежав в сентябре 1939 г. с польским правительством, прожил на юге Франции с осени 1940 г. до февраля 1944 г., когда был арестован гестапо и отправлен в Виденбрюк в Вестфалии. Из лагеря его 1 апреля 1945 г. освободили американские войска. За время войны Адам Стефан Сапега сильно постарел, но, несмотря на это, лишь укрепился духом, став ключевой фигурой в католическом сопротивлении нацистским оккупантам. По древней польской традиции глава Польской Церкви был Interrex между днем смерти одного польского короля и избранием его наследника. Архиепископ Сапега фактически носил титул верховного правителя Польши на протяжении более чем пяти лет - он был единственным законным правителем в стране, управляемой захватчиками. Свою роль Сапега принял на себя без колебаний.
Ганс Франк, желавший, судя по всему, придать законный вид своему правлению, несколько раз намекал, что приглашение посетить резиденцию архиепископа он бы принял благосклонно. Сапега в конце концов пригласил его и усадил хозяина оккупированной Польши напротив себя во главе стола, предназначенного для официальных приемов. Затем был подан обед: черный хлеб испеченный с добавлением желудевой муки, варенье из свеклы (сахарной для сладости и красной - для цвета), эрзац-кофе. Когда Франк с изумлением перевел глаза со стола на хозяина, тот спокойно объяснил, что по продовольственным карточкам, раздаваемым немецкими властями, он не может позволить себе ничего другого, поскольку отлично знает, что приобретение продуктов на черном рынке противозаконно. Что ответил на это Ганс Франк, история умалчивает. Похоже, на повторное приглашение он уже не намекал.
На то, что все безоговорочно признавали авторитет Сапеги, безусловно, оказали влияние его аристократическое происхождение и благородная осанка, но не только это притягивало к нему людей, оказавшихся в отчаянных обстоятельствах. Каждый вечер в 9 часов семинаристы видели князя-архиепископа идущим в одиночестве в свою часовню, где он проводил час. Все понимали, что архиепископ говорит о своих проблемах с Богом.
А проблемы были в высшей степени прискорбными. Священников либо арестовывали, либо отправляли в концентрационный лагерь, либо убивали. Церковные приходы участвовали в попытках помочь узникам нацистских трудовых лагерей едой. Следовало как-то защищать людей, исчезавших за дверями гестапо, разместившего свою штаб-квартиру прямо напротив резиденции архиепископа. Требовалось помочь тем семьям, которые потеряли кормильцев. Также требовалось оказать содействие еврейской общине Кракова, по просьбе которой Сапега посещал Ганса Франка по меньшей мере дважды. Архиепископ распорядился выдавать удостоверения о крещении евреям, чтобы помочь им избежать Холокоста. Требовалось успокоить многих родителей и супругов. Все это Сапега делал сам, поскольку был совершенно лишен связи с Римом. Однако дважды, когда для этого выдавалась возможность, архиепископ пытался предупредить Ватикан о планах нацистов уничтожить евреев и польскую нацию.
И в то же самое время, в самый мрачный период оккупации, Адам Стефан Сапега думал о будущем. Член реформистского крыла в польском руководстве, Сапега перед войной закрыл несколько старых церковных приходов и создал новые, призванные быть ближе к людям. Он участвовал в реформе семинарий, настаивая на более углубленном изучении теологических дисциплин. Когда война стала близиться к концу, Сапега начал разрабатывать принципы новой католической газеты "Тыгодник повшехны" ["Мир за неделю"], редактором которой должен был стать молодой журналист-мирянин Ежи Турович. Архиепископ назначил одного из лучших священников-интеллектуалов своей резиденции, отца Яна Пивоварчика, бывшего ректора семинарии, "духовным наставником" газеты.
Но важнее этого для Сапеги было убеждение, что возрождение польского католицизма после войны требует большого числа хорошо образованных и способных к переменам священников. Именно поэтому он рисковал жизнью, создавая подпольную семинарию в первые же годы оккупации и потому решительно предоставил под подпольную семинарию свою собственную резиденцию после "черного воскресенья" 1944 г. И ученики, и их учителя шутили в это время, что они - "под домашним арестом". Приходилось вести спартанскую жизнь. Каждый семинарист имел свою собственную койку, из всей прочей мебели был только общий стол. То немногое из личного имущества, что они взяли с собой, хранилось в чемоданах под их кроватями в комнате, которая когда-то предназначалась архиепископом для переодевания.
На своей первой встрече с семинаристами архиепископ объявил, что не намерен ждать, когда немцы позволят вновь открыть семинарию. Он сам станет ректором. Если их раскроют, то кара неизбежна, но будь что будет.
- Мы вверяем себя в руки Божественного Провидения, - завершил он свою речь. - С нами ничего не может случиться.
Для человека его происхождения и его положения Сапега был на редкость доступен своим ученикам. Он часто появлялся во время отдыха, посещал семинаристов, старался на протяжении дня поговорить с каждым из них. Семинаристы, со своей стороны, получали возможность лучше узнать человека, который должен был посвятить их в сан. Они могли лично убедиться в его глубокой набожности - как в ежевечерних молитвах, совершающихся в полном одиночестве, так и в долгих размышлениях, которым он предавался после утренней мессы.
Под руководством отцов Смоленьского и Кусака подпольная семинария Сапеги работала по полному дневному графику. Семинаристы вставали в шесть часов утра для часовой личной молитвы. В семь проводилась месса, за которой следовал завтрак. Затем с четверти девятого до полудня шли занятия, еще в одной комнате для переодевания. В полдень студенты и преподаватели прерывались для чтения "Angelus" (Богородичной молитвы) и исповеди. За этим следовали ленч и отдых в саду архиепископа. В середине дня семинаристы отправлялись в часовню на пятнадцатиминутную молитву перед причастием; после причастия начинались индивидуальные занятия. В половине седьмого отец Смоленьский и архиепископ Сапега обычно проводили занятия на духовные темы. На ужин собирались в семь вечера, затем следовала вечерняя молитва, а в четверть девятого - личная молитва. Раз в неделю все студенты исповедовались; каждый из них был свободен в выборе исповедников, выбирая их из числа преподавателей или священников, приходивших в резиденцию архиепископа со стороны. Академический год начинался с трехдневного уединения, интенсивного периода молитв; на это время учеба - занятия обычно вел отец Смоленьский - временно прекращалась. Еще одним периодом уединения был Великий пост; небольшие периоды уединения имели место на протяжении всего года. Чтобы обогатить курс обучения, приглашались внештатные преподаватели. Юлиуш Остерва давал студентам подпольной семинарии уроки дикции и объяснял, как следует произносить молитвы. Такой курс, читаемый мирянином, был значительной новацией, если учитывать обычные отношения священников и мирян.
***
Много позднее Папа Иоанн Павел II как-то задумчиво заметил, что ему так и не довелось учиться в настоящей семинарии, поскольку помешали война и то, что происходило впоследствии, однако, как выяснилось, подготовка "под домашним арестом" на Францишканьской, 3 оказалась достаточной, чтобы Кароль Войтыла впоследствии уверенно мог выполнять свои обязанности. Его товарищи по обучению вскоре отметили как его интеллектуальные способности, так и набожность. Князь-архиепископ сам быстро признал одаренность молодого человека из Вадовице, который, как считал Сапега, точно определил свой жизненный путь.
Скоро он стал "некоронованным королем Польши". Иоанн Павел II называл его "непокоренный князь", "настоящий pater patriae" нации, которую пытались уничтожить . 
И в то же самое время, в самый мрачный период оккупации, Адам Стефан Сапега думал о будущем. Член реформистского крыла в польском руководстве, Сапега перед войной закрыл несколько старых церковных приходов и создал новые, призванные быть ближе к людям. Он участвовал в реформе семинарий, настаивая на более углубленном изучении теологических дисциплин. Когда война стала близиться к концу, Сапега начал разрабатывать принципы новой католической газеты "Тыгодник повшехны" ["Мир за неделю"], редактором которой должен был стать молодой журналист-мирянин Ежи Турович. Архиепископ назначил одного из лучших священников-интеллектуалов своей резиденции, отца Яна Пивоварчика, бывшего ректора семинарии, "духовным наставником" газеты.